网络经济可以改变企业组织，使其向网络化、扁平化、科学化方向发展。企业将从垂直指挥控制组织转变为专家主导的信息网络组织。微电子技术模糊了蓝领和白领的界限，使从事计算机编程的工人更加贴近市场和消费。营销人员的营销、开发和设计人员掌握的信息的重要性大大增加。这种发展必然会影响企业官僚机构和各种垂直等级制度及其看法。网络技术的发展将使中间管理越来越冗余，因为生产指令可以一步完成，企业组织结构呈现扁平化发展趋势。通过信息网络与生产管理者的互动，增加了管理者与管理对象之间的可见性和透明度，从而提高了生产力系统的有序运行。
(一)传统直线性组织结构
线性系统结构的特点是：命令、命令等信息自上而下传达和执行，信息传递简单，命令、命令系统单一，职位和权限明确，横向联系少，易于维护组织活动的秩序。它的优势在于能够有效地管理大投资、分工和大规模机械化生产。但它有其自身的巨大缺陷。设有专业的管理分工，所有管理职能由一名负责人承担。客观上要求负责人具备各种管理能力和业务能力。其实，这很难做到。随着组织规模的扩大和组织活动的复杂化，在信息和信函网络的冲击下，其缺陷更加明显。
(二)网络经济挑战直线制组织结构
网络经济的出现，使得原有的社会经济活动，无论是设计经济活动的主体，还是社会经济的实际运行，几乎都纳入了信息网络的轨道。特别是随着互联网的发展，网络经济的范围从一个国家或一个地区迅速扩展到全世界。一方面，互联网经济的出现改变了以物质产品的生产、交换、分配和消费为中心的经济运行格局，导致以信息服务业为代表的第三产业比重大幅提高；另一方面，它使人们的社会经济活动——包括网络购物、消费、储蓄、证券投资、旅游等新产品的开发与研究、新商机的发现、网络上的贸易谈判等，从交易形式到运行机制都发生了前所未有的巨大变化。知识经济和信息网络的发展给经济的组织结构带来了新的挑战。
网络经济之所以挑战线性组织结构，其深层原因在于网络经济不同于工业经济的交易方式和运行机制。首先，网络经济与产业经济的个体行为存在差异。产业经济认为个体是组织的基础，这些个体以一定的方式作为代表出现在经济运行中，充当经济活动的主体。在网络经济条件下，个体作为社会经济网络的节点，相应地产生了纵横交错的利益关系，从而形成了由不同个体组成的网络群体利益结构。其次，网络经济与产业经济在处理企业组织与外部环境的关系上存在差异。在工业经济下，企业与市场是相互对立、相互替代的。这种关系的本质是节省交易成本，并且企业组织与外部环境之间有一个清晰的、可衡量的边界，有助于企业防范风险，进行未来的战略管理和决策。
(三)网络经济下的组织结构
网络经济是知识经济，是建立在知识基础上的经济，需要更有活力、更有智慧的组织。在工业经济向网络经济的重大而深远的经济转型中，网络经济的组织化不是一蹴而就的，需要长期的历史演进。即使在都汇全面进入网络经济之后，组织架构仍然面临着不同主体、不同行业、不同部门的多元化架构选择，而非单纯的组织架构。组织结构是组织内部各种有机要素相互作用的联系方式或形式。它涉及到管理幸福感和管理层次的确定、机构设置、管理职能划分、管理职责和权限的确定等问题。因此，组织结构是网络经济管理理论研究中的一个重要问题，它符合网站设计和网络的客观要求。
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